迷宫名称=>かいがんのどうくつ(海岸洞窟)— 4层
神奇宝贝=> No.090-大舌贝、No.140-化石盔、No.222-太阳珊瑚、No.422-无壳蜗(蓝)
可能道具=>果实、种子迷宫名称=>しめったいわば(潮湿岩洞)— 7层
神奇宝贝=> No.345-触手百合、No.347-太古羽虫、No.422-无壳蜗(红)、No.433-小风铃
可能道具=>苹果、投掷物、果实、种子、 物、属性软糖迷宫名称=>トゲトゲやま(荆棘山)— 9层
神奇宝贝=> No.029-尼多兰、No.032-尼多朗、No.066-腕力、No.074-小拳石、No.084-嘟嘟、No.167-线球、No.397-胖胖翁
可能道具=>苹果、投掷物、果实、种子、 物、属性软糖、玉
最终BOSS=>素利普迷宫名称=>たきつぼのどうくつ(瀑布洞窟)— 8层
神奇宝贝=>水蜘蛛、可达鸭、臭泥、蔓藤怪、莲帽小童、泥泥鳅、蚊香蝌蚪、乌波、鲶鱼王
可能道具=>苹果、投掷物、果实、种子、 物、属性软糖、玉迷宫名称=>リンゴのもり(苹果森林)— 12层
神奇宝贝=> No.010-绿毛虫、No.043-走路草、No.046-派拉斯、No.187-毽子草、No.406-蔷薇苞、No.412-蓑叶虫、No.013-独角虫、No.103-椰蛋树、No.044-臭臭花、No.014-铁壳昆、No.015-大针蜂
可能道具=>苹果、果实、种子、 物、属性软糖迷宫名称=>えんがんのいわば(沿岸岩洞)— 9层
神奇宝贝=> No.098大钳蟹、No.147迷你龙、No.278长翅鸥、No.363海豹球、No.364海魔狮、No.423地贝蜗
可能道具=>玉、属性软糖、种子迷宫名称=>ツノやま— 14层
神奇宝贝=> No.047-派拉斯特、No.049末入蛾、No.142化石翼龙、No.168阿利多斯、No.177天然雀、No.204榛果球、No.267狩猎凤蝶、No.285蘑蘑菇
可能道具=>抛掷物、玉、 物、种子、技能机迷宫名称=>もりのよこみち(森林小道)— 5层
神奇宝贝=> No.127大甲、No.206土龙弟弟、No.228戴鲁比、No.264直冲熊、No.401帽蟋蟀
可能道具=>玉、种子
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迷宫名称=>のうむのもり(迷雾森林)— 11层
神奇宝贝=> No.235图图犬、No.420樱桃芽、No.188-毽子花、No.163咕咕、No.263蛇纹熊、No.427毛耳兔(暗)、No.417电栗鼠(时)、No.286斗笠菇、No.164猫头夜鹰、No.234惊角鹿
可能道具=>玉、果实、种子、属性软糖、宝箱、技能机迷宫名称=>ねっすいのどうくつ(温泉岩洞)— 8层+7层
神奇宝贝=> No.193阳阳玛、No.209布卢、No.240小鸭嘴龙、No.322呆火驼、No.402蟋蟀战士
No.210布卢皇、No.313电萤虫、No.314甜甜萤、No.126鸭嘴火龙、No.213壶壶
可能道具=>种子、玉、投掷物、属性软糖、宝箱
最终BOSS=>固拉多迷宫名称=>エレキへいげん(电磁平原)— 10层+9层
神奇宝贝=> No.311/312正负拍拍、No.403小闪光、No.404电光狮、No.203麒麟奇、No.239电击怪、No.179咩利羊、No.180绵绵、No.181电龙、No.231小小象、No.469鬼影蜻蜓、No.125电击兽、No.128肯泰罗、No.085嘟嘟利、No.309落雷兽
可能道具=>种子、玉、果实、学习机、装备品
最终BOSS=>首领雷电狮、8只电光狮迷宫名称=>きたのさばく(北部沙漠)— 15层
神奇宝贝=> No.331沙漠奈亚、No.332梦歌奈亚、No.104可拉可拉、No.027穿山鼠、No.343天秤偶、No.246由基拉、No.304可可多拉、No.305可多拉、No.455捕虫怪草、No.328大颚蚁
可能道具=>不净食物、玉迷宫名称=>りゅうさのどうくつ(流沙洞窟)— 10层+10层
神奇宝贝=> No.028穿山王、No.247沙基拉、No.248班吉拉、No.329超音波幼虫、No.451幼龙蝎、No.290土居忍者、No.291铁面忍者、No.303大嘴娃、No.449斑河马
可能道具=>不净食物、玉、投掷物
最终BOSS=>艾姆瑞特迷宫名称=>すいしょうのどうくつ(水晶洞窟)— 11层
神奇宝贝=> No.075隆隆石、No.076隆隆岩、No.336饭匙蛇、No.374铁哑铃、No.408头盖龙、No.410盾甲龙、No.232顿甲、No.413叶衣虫
可能道具=>苹果、玉、种子、学习机、装备品迷宫名称=>だいすいしょうのみち(大水晶内部)— 13层
神奇宝贝=> No.371宝贝龙、No.413叶衣虫、No.419海浮鼬、No.362冰鬼护、No.431环尾猫、No.359阿勃梭鲁
可能道具=>玉、果实、种子、 物、装备品迷宫名称=>くうかんのどうくつ(空间洞穴)— 8层
神奇宝贝=> No.132百变怪、No.227盔甲鸟、No.425气球仔、No.326噗噗猪、No.081小磁怪、No.095大岩蛇、No.082三合一磁怪、No.426幽灵气球
可能道具=>玉、苹果、装备品、种子、投掷物迷宫名称=>くらやみのおか(黑暗山丘)— 15层
神奇宝贝=> No.472滑翔钳蝎、No.354诅咒 、No.092鬼斯、No.344念力土偶、No.200梦妖、No.093鬼斯通、No.356夜巨人、No.094耿鬼
可能道具=>玉、技能机、种子、果实、投掷物迷宫名称=>ふういんのいわば(封印的岩场)— 8层+6层
神奇宝贝=> No.089臭臭泥、No.476红鼻怪、No.372甲壳龙、No.375金属怪、No.205佛烈托斯、No.465长藤怪
可能道具=>技能机、种子、玉、果实、属性软糖、投掷物、PP 、装备品
最终BOSS=>鬼盆栽迷宫名称=>くろのもり(黑森林)— 8层
神奇宝贝=> No.444利爪地龙、No.414亮翅蛾、No.429巫妖、No.189毽子绵
可能道具=>果实、PP 、玉、种子、投掷物、技能机迷宫名称=>もりのたかだい(森林高台)— 12层
神奇宝贝=> No.208大钢蛇、No.470叶精灵、No.112铁甲暴龙、No.037六尾、No.306波士可多拉、No.450沙河马
可能道具=>玉、投掷物、种子、技能机、装备品迷宫名称=>キザキのもり(木崎森林)— 20层
神奇宝贝=> No.64勇吉拉、No.421樱桃花、No.229黑鲁加、No.280拉鲁拉斯、No.03 尾、No.281奇鲁利安、No.416女皇蜂
可能道具=>果实、投掷物、学习机、玉、种子、属性软糖、装备品(围巾、手帕、锻带)迷宫名称=>いそのどうくつ(海滨洞窟)— 9层+5层
神奇宝贝=> No.279大嘴鸥、No.099巨钳蟹、No.423地贝蜗(红)、No.087白海狮、No.138菊石兽、No.072玛瑙水母、No.120海星星、No.148哈克龙、No.365帝牙海狮、No.、
可能道具=>玉、装备品(头巾)、种子、PP 、属性软糖、果实、技能机
最终BOSS=>镰刀盔、多次菊石兽*2迷宫名称=>まぼろしのだいち(幻之大陆)— 15层+8层
神奇宝贝=> No.432环尾肥猫、No.467爆焰火龙、No.149快龙、No.357热带龙、No.460雪巨人、No.445暴地龙、No.411钢甲龙、No.310雷电兽、No.409暴骨龙
可能道具=>苹果、装备品(头巾)、果实、玉、种子、投掷物、PP 、技能机
最终BOSS=>夜魔人、勾魂眼*6迷宫名称=>じげんのとう(次元道路)— 13层+10层
神奇宝贝=> No.337/338月石/太阳岩、No.137 3D龙、No.436铜镜偶
No.233 3D龙 No.474 3D龙Z、No.373暴蝾螈、No.437铜泽图腾、No.376巨金怪
可能道具=>玉、装备品(围巾/手帕/眼镜)、PP 、投掷物、果实、种子、属性软糖、技能机
最终BOSS=>暗黑迪亚路加
宠物小精灵时暗之探险队二周目完美剧情攻略
主角和搭档继续着修行，突然有一天胖可丁宣布他们可以毕业了～
接着胖丁告诉了他们关于进化的地点，这里也是毕业考试的地方，
在しんぴのもり（神秘森林）有着ひかりのいずみ（光之泉），不过看起来有强敌等待呢……
到宝物镇发生剧情遇到二熊，之后就可以出发去新迷宫了。
迷宫しんぴのもり
层数：13F
BOSS：胖丁+音符鹦鹉+向日葵+地鼠+风铃铃+ 蟾斗士+三地鼠+龙虾小兵+重音怪
通过后掉入陷阱，黑暗的“大魔王”正在恐吓时，突然亮了，一看，靠，居然是行会的那群家伙……
不过这次真的是大危机……风铃铃的呵欠，胖丁的唱歌和封印……胖丁的HP700左右，打不过他就别想进化了……
大魔王失败了！大家逃啊！一群乱七八糟的家伙……
进入森林，主角预感到那东西居然是胖可丁放在那里的？打开一看……原来是……胖丁最喜欢的食物……
这时光之泉出现，剧情以后就可以进化了！
◎进化说明：此后在迷宫列表中会出现ひかりのいずみ，前往后会询问是否进行进化，然后会出现已经满足条件的怪兽列表（全部怪兽，包括队伍里的和非队伍里的），然后只要选择让哪只进化就可以进化了～很简单的系统～
不过……主角和搭档无法进化！因为他们经历了时空扭曲的缘故！
失望了……白培养了……日……
毕业成功！庆祝！此后房间变成了鲨鱼岩上的那个洞穴里的床，记录也是这里，不要再走错了～
之后风铃怪会告诉主角们可以换队长了，哦也，终于成为自由的探险队了～
◎转换队伍首领的 ：在风铃怪处选择なかまをみる，蓝色的是队长，黄色是队员，白色是非队员，对于白色的，选择“チームにさんか”加入队伍成为黄色，对于黄色的，选择“リーダーにする”成为队长变成蓝色，OK。不过874一下，地图屏幕上显示的仍然是主角跟搭档……
四个新迷宫出现：ゼロのしまほくぶ、ゼロのしまとうぶ、ゼロのしませいぶ、ゼロのしまなんぶ（零之岛北东西南部），这几个迷宫进入后打到怪兽不会获得经验值……
以下触发条件不明，是否有先后顺序不明（应该是先后顺序）：
机密等级
一天在变色龙商店右边看到吸盘魔偶，对话后新迷宫出现，
1.ふぶきのしま（暴风雪之岛）20F无BOSS
2.
3.
4.突破后紧接着出现新迷宫
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クレバスのどうくつ（雪缝洞穴），10F+4F，BOSS雪女
救出钢铁螳螂以后收到谢礼『シークレットランク（机密等级？）』
玛娜菲之蛋
一天与行会里的向日葵对话，得知とざされたうみ（封闭之海）的事情，新迷宫开启。
とざされたうみ（封闭之海），20F，获得3个宝箱+1个神秘的蛋
第二天蛋孵化了，果然是玛娜菲……去找音符鹦鹉鉴定完毕后得到消息要去えんがんのいわば给小玛娜菲找特定的食物あおいグミ了。
当然如果你的身上或者仓库里有あおいグミ或者碰巧可以买到あおいグミ的话就不用去哪个迷宫找了～
把あおいグミ带着跟玛娜菲说话，小家伙高兴了～以后就一起生活吧～到迷宫里去再找些あおいグミ喂它……难道是宠物设定么……
再喂一个あおいグミ就可以带着玛娜菲出去散步了，带着它来到海岸，但是当天晚上，玛娜菲就消失了……第二天着急的他们在行会门口遇到鹦鹉，然后来到海岸，终于找回玛娜菲，但是玛娜菲 了……鹦鹉告诉两人，需要找到海之精灵菲奥奈才能治好玛娜菲，他们就在きせきのうみ（奇迹之海）。新迷宫出现。
きせきのうみ（奇迹之海），18+4F，BOSS暴鲤龙
帮菲奥奈赶走了暴鲤龙，获得谢礼フィオネのしずく（菲奥奈的水滴），拿回去发生剧情玛娜菲就好了～不过为了它能健康快乐地生活，只能强行让他回到海里去生活了…… 苦的离别……
三圣柱、圣柱王与藏宝之地的秘密
一天来到行会，在地下二层看到大家正在围着三位美女欢呼，原来是有名的又强大又美丽又漂亮又可爱的明星宝物猎人三人组“チャームズ”来了——瑜伽王，女郎兔和超能女皇。原来他们与行会老板胖可丁在很久以前一起探险过，相互是朋友。不过这次他们不是来叙旧的——曾经完全不知道什么用途的特殊道具カギ的作用终于探明了，打开ばんにんのどうくつ（看守的洞穴）的道具，据说在那里沉睡着巨大的宝藏！不过胖可丁却说自己忘记了……可是当三人拿出胖可丁最喜欢的食物时它又说想起来了！回房一阵巨响后找到了！那么大家一起去探险吧！新迷宫开启。就在大家议论着“チャームズ”重出江湖时，却同时知道了另一个消息：传说中的最强探险队レイダース——エルレイド，ロズレイド，ドサイドン三人组。
ばんにんのどうくつ（看守的洞穴），3F循环×2/4F循环+5F，BOSS三圣柱+钢人4只沙瓦郎4只+圣柱王。
这个洞穴里出现的基本上全部是安农，在迷宫中打倒安农，就用几率获得对应字母的石头，根据各段石板上的字母集齐对应的字母石头后调查石板，就能够打开通路——打开通路时石头会消失。
第一段的石板上是“ICE”，当集齐I,C,E三个字母的石头后，通过3F回到入口处调查石板，冰神柱入口出现；
第二段ROCK，岩圣柱；
第三段STEEL，钢圣柱。
注意，该迷宫一旦使用穿墙玉之类的出去重新进来，就要重新与圣柱战斗。
钢圣柱倒地后，被打倒的チャームズ三人组出现，继续前进。到达最深处，与圣柱王和其率领的部下战斗。
战胜圣柱王后红色石板出现，启动圣柱王机关，宝藏之地かくされたいせき（隐藏的遗迹）开启。
かくされたいせき（隐藏的遗迹），30F，最底层是6个宝箱，无BOSS
真假梦兽、珍珠登场
一夜，电闪雷鸣，这时想起了在光之泉处被告知不能进化的事情……森林深处，闪电照亮了一个黑影的面孔，噩梦兽！原来一切罪恶的根源就是它！似乎在追寻着空间扭曲……而随后赶到的梦兽就是来抓捕他的！
又是一夜，主角发现自己在梦里看到有谁在……梦兽出现了，他说主角的存在导致这个世界正在走向毁灭……突然间主角惊醒了，一个奇怪的梦……
又一夜，怪梦又来了，梦兽告诉主角，由于他是从未来而来的人类，这造成了空间扭曲，并且正在扩大，最终导致这个世界的毁灭……
次日，主角回忆起梦兽所说的话，原来空间的扭曲就是自己不能进化的原因啊，可是正在扩大会导致这个世界……
走到地面，龅牙狸突然跑来说露丽丽出事了！来到行会，看到陷入噩梦中无法醒来的露丽丽，龅牙狸说如果能知道它在做什么梦没准就能醒来，那么就需要进入它的梦！鹦鹉提出，如果能让素利普来的话，也许能够进入梦境。但是素利普不抓走后被关在しゅぎょうのやま（修行之山），那么就去吧！新迷宫出现。注意此迷宫限定主角和搭档两人进入。
QUOTE:
しゅぎょうのやま（修行之山），20F，无BOSS，一定要带投掷道具，有鬼蝉！
改过自新的素利普马上答应去帮助露丽丽了，出去稍微准备一下之后，与素利普对话进入露丽丽的噩梦迷宫あくむのなか（噩梦之中）！本迷宫仍然限定主角与搭档两人进入。
QUOTE:
あくむのなか（噩梦之中），17F，无BOSS
在最深处见到了梦兽，原来搭档也做了怪梦……梦兽说，如果现在的噩梦的世界扩大的话，世界就会毁灭！突然梦兽变了脸色，要向他们扑来，这时有人来了，梦兽一看不好，消失了……来者竟然是素利普？回到行会，虽然告诉了众人见到梦兽和噩梦扩大的事实，但却隐瞒了是因为自己的原因……回到居住地的搭档为自己的谎言懊悔不已……深夜，主角回想起了这段时间发生的事情……半夜醒来时发现搭档不见了，来到悬崖，和搭档长谈，他们的确不应该属于这里，无论是穿越时空的搭档，还是在钻石兽的神力下复活的主角，也许就是这样“そうかもしれない……”，不过还是有些地方感觉有些不对劲“でもどこかみようなかんじが……”，是什么地方呢？梦兽的话“クレセリアのことば”，终于，主角想起来了，当自己在次元之道消失的时候听到的话与梦兽的话有些许不同！但是尽管如此仍然改变不掉眼前的事实……太阳升起来了，两人回想起和草蜥蜴一起第一次看日出的情形……搭档提出，关于空间扭曲，也许能去往幻之大地的乘龙知道些什么。
来到海岸，乘龙虽然不知道，但是却给了他们有用的信息——去找控制空间的生物，パルキア。他就住在そうのさけめ（层之裂缝），但是乘龙也无法到达这个地方……不管怎么说，总算是有点眉目了～
这天半夜，突然发生了地震！这时，空间掌管者パルキア突然出现在两人面前！它化作一个巨大的光球，把两人带到了层之裂缝！但是不由分说地又把两人打下了深渊，自己又化为光球追了下去！新的冒险，开始了！
QUOTE:
そうのさけめ（层之裂缝）15+9F，BOSS珍珠兽，第二段9F有特定门
正当珍珠兽被打倒时，突然时间停止了……一个陌生的声音传来：珍珠兽也和露丽丽一样陷入噩梦了～黑暗的力量将吞掉整个世界！那么，是否要进入珍珠兽的噩梦的世界呢？当然了！但是梦境中的珍珠兽说出了与梦兽所言相同的残酷事实……这时梦兽也出现了，步步进逼。正在这时，珍珠兽却为主角们说话了，但是梦兽却毫不让步地扑了上来！就在危机关头，另一只梦兽出现了？！梦兽的力量终于使噩梦兽显出原型，原来大家到现在为止都被欺骗了，一切都是噩梦兽做出来的假象。但是噩梦兽又一次逃脱了，并且留下话，他在やみのかこう（暗之火口）等着两人！
回到广场，露丽丽终于醒来了，梦兽有着驱散黑暗的力量，而噩梦兽却在计划着把主角与搭档从这个世界清除。原来当初星之停止的计划就是噩梦兽搞的鬼，而主角与搭档不仅破坏了次元之道，还阻止了星之停止的发生，噩梦兽因此惧怕着两人，而黑暗扩张才是空间扭曲的真正原因！为了抓住噩梦兽，准备一下出发吧！在悬崖处与梦兽对话，就可以来到噩梦所在的地方了。这次是主角搭档梦兽三人同行。
QUOTE:
やみのかこう（暗之火口）15+15F，BOSS噩梦兽+阿柏怪+盔甲暴龙+熔岩蜗牛+梦魇+钢甲暴龙+鸭嘴暴龙
来到最底层，噩梦兽说出了在草蜥蜴和主角前往过去的世界时出现时空事故的真正原因——是他制造的！包括次元之道的建立，星之停止的实施……为了把碍事的主角和草蜥蜴除去，故意制造了时空事故使主角变成了怪兽，但是他却与搭档相遇了……这时，噩梦兽突然提出要和二人联手制造黑暗的世界，更让人想不通的是搭档居然认为这不是完全不可行的，他不仅加入了噩梦兽一方，还让主角也一起过来，这到底是为什么？！该作出最后的回答了：那种事情，办不到！“そんなことできない！”因为，这是在噩梦中！主角打破了噩梦兽的噩梦结界，三人终于都清醒了过来，是的，信任自己的搭档怎么可能作出那样的事情！恼羞成怒的噩梦兽召唤出一群怪兽，发起了最后的攻击。
噩梦兽的确是噩梦，一群缠人的小弟不说，自己的反击+影分身+催眠就相当难对付，而且自身特性的存在一旦被催眠每回合都会减少15HP……
终于打败了噩梦，可它却打开了时空之门，他又要逃到未来去吗？眼看噩梦就要逃走时，珍珠赶到了，正义的珍珠把时空之门破坏掉了，但是并不意味着噩梦已经消失了，梦兽推断，他可能会和主角一样，出现在某个时代，同时也失去了原来的记忆……不过眼下总算是阻止了空间扭曲，珍珠兽也回到了自己的地方……
回到村镇，大家看到打败了噩梦兽凯旋的二人，欢呼了起来……虽然还是不能在光之泉进化，但是——只要在这里，这要在这里生活着，即使仅此而已，也会感觉到幸福……谢谢你，我们一直在一起，以后也请多关照！
（迷宫やみのかこう、かざんちたい地图追加）
二周目剧情·终
二周目剧情完后，玛娜菲会回归，大海之源在其回归三天后会出现。
接着去层之裂缝将帕鲁其亚招募回来之后，主角和副主角就能进化了
在游戏里，玩家可以扮演的主人公怪兽新追加5只，达到了可选19个主人公怪兽的数量；同时在这款游戏里，相对时之探险队、暗之探险队还将追加21种队友型怪兽。另外一方面，还会有更多 的冒险剧本等待玩家的探险哦。游戏攻略玩家照惯例开始选好宠物后用笔点住下屏几秒不放才会触发之后对话，选择主角是皮卡丘，宠物是杰尼龟，片头动画后发现一瓦斯弹和蝙蝠把一石头带进了海边洞窟，自动进入。
初始迷宫难度很低，经常会有系统提示，玩过迷宫系列游戏的因该能很轻松通过，在迷宫的第5层会看见瓦斯弹和蝙蝠，上前一人一个技能。即可 夺回花纹石头！有了背包可以装16个道具，探险方便多了，任务目的地在迷宫的B7F，拿到珍珠后得到一些物品奖励，奖金则由2000变成200。起床后跟着音符鸟走，被带到一公告板前，之后跟着龅牙狸走，他会给村子做个简介，之后可以到商店购物了，同时有店铺可以进行存钱、存道具等操作。在道具店买好东西后会有2只马力鼠出现，听见有奇怪的声音，之后右边走再见到他们，发现スリープ很可以，回去告示板那里发现スリープ是通缉犯，接到新任务帮助小马力鼠，进入トゲトゲやま。这迷宫怪物要比之前梢厉害些了，小心蜘蛛的减速技能，还有卷毛翁的技能攻击力很高。6F后会出现尼多娜，小心攻击它自己会中 ……在10F会见到スリープ正在欺负小马力鼠，上前战斗，注意BOSS攻击力很高，而且还会催眠、麻痹等技能，一旦中了就完蛋了，多用技能攻击吧！胜利后背包可增大至24格！
